Im Jahre 1242 taucht der Name des Dorfes Schönerlinde erstmals in einer Urkunde auf. Heute direkt an die Stadt Berlin angrenzend, erlebte der Ort eine wechselvolle Geschichte. Ursprünglich befand sich Schönerlinde im Besitz des Klosters Lehnin, fiel dann an das Amt Mühlenbeck, und ab der Mitte des 19. Jahrhunderts gehörte es zum Amt Oranienburg.

1591 werden im Ort 77 Hufen (1 brandenburgische Hufe entspricht 17,0215 ha) von 21 Hüfern (größere Bauernhöfe, die ein gutes Auskommen sichern) und 12 Kossäten (kleinere Bauernhöfe, die nicht mehr für eine Selbstversorgung ausreichen) bewirtschaftet.
Im Mittelalter wird die Entwicklung des Ortes immer wieder durch Katastrophen zurückgeworfen. Krieg und Feuer hatten ebenso ihre Auswirkungen wie Mißernten. Durch die Dezimierung der Bevölkerung gingen auch urbar gemachte Felder wieder verloren.
In der Nacht vom 23. auf den 24. August 1810 wird die Bevölkerung von einem verheerenden Ereignis heimgesucht. Durch Brandstiftung entsteht eine furchtbare Feuerbrunst, durch die 47 Familien ihr gesamtes Hab und Gut verlieren. Der Brandstifter wird später gefaßt und in Berlin auf dem Scheiterhaufen gerichtet.
Unübersehbar ist die spätgotische Kirche aus Feldstein. Nach dem Vorbild der Bernauer Marienkirche weist sie an der Chor-Nordseite eine bemerkenswerte zweijöchige gewölbte Sakristei auf.
Um 1830 wird die Prenzlauer Chaussee angelegt, die Einwohnerzahl steigt auf etwa 500. Der Bau der Bucher Chaussee (1905/06) und der Mühlenbecker Chaussee (1907) führt zu einer verbesserten Verkehrsanbindung. Wirtschaftlicher Aufschwung ergibt sich in diesen Jahren durch den Verkauf von Land an die Stadt Berlin, die die Flächen zur Verrieselung von Abwässern nutzte. Positiven Einfluß auf das landwirtschaftliche Leben des Ortes hat die Gründung des Schönerlinder Gutes durch den Berliner Magistrat.
Das noch zu DDR-Zeiten fertiggestellte Klärwerk nimmt seinen Betrieb Mitte der achtziger Jahre des vorigen Jahrhunderts auf. Praktisch bedeute dies zugleich das Ende der Rieselfelder.
Nach der Wende siedelt sich in der Umgebung von Schönerlinde, insbesondere an der Bahnlinie Karow – Basdorf in bescheidenem Umfang Gewerbe und Kleinindustrie an.